EMDR terapisine göre anılar, beynimizde o anki ses, koku, imgeler, duygu ve düşüncelerle birlikte işlemlenir, öğrenilir ve işlevsel hale gelir. Ancak travmalarda bu durum böyle olmaz ve anılar işlemlenemez. Migren, kişinin hayatını oldukça olumsuz etkileyen, şiddeti ve sıklığına göre kişiyi atak sırasında işlevsizleştiren ve stres yaratan bir hastalıktır. EMDR’la migren üzerine çalışmalar yapılmış ve EMDR’ın migrenin olumsuz etkilerini azalttığı ortaya koyulmuştur. EMDR terapisi alan migren hastalarının zamanla daha az ilaca başvurdukları, acile gitme sıklıklarının azaldığı, ağrıların şiddeti ve sıklığının azaldığı, bazense ortadan kalktığı görülmüştür.